MiModD
MiModD ist eine von uns entwickelte Software zur Kartierung, Identifikation und Annotation phänotypischer Mutationen in den Genomen von Modellorganismen anhand genomweiter Sequenzdaten. MiModD wurde speziell für Biologen/Genetiker mit begrenztem bioinformatischen Hintergrund konzipiert, um diesen die Analyse von WGS-Daten auf Standard PCs zu ermöglichen.
Die Software unterstützt:
- – short-reads alignment aus diversen Dateiformaten (fastq und gzipped fastq, SAM, BAM)
- – Dateiformat-Konversion und Annotation mit Metadaten der Sequenzierung
- – variant calling (SNPs and indels)
- – variant post-processing, including filtering and annotation
- – deletion calling (currently only for paired-end data)
- – Mutationskartierung ausgehend von verschiedenen Kreuzungsschemata
- – Erstellung publikationsfertiger Abbildungen der Kartierungsergebnisse
MiModD is free and open-source (released under GPLv3) and runs under Linux and macOS (10.9 through 10.13) with minimal software requirements.
As a standalone package it can be used from the command line, but can also be integrated seamlessly and easily into any local installation of a Galaxy bioinformatics server providing a graphical user interface, database management of results and simple composition of analysis steps into workflows.
Alternativ kann MiModD auch auf einigen öffentlichen Galaxy-Servern benutzt werden.
Detailed information on installation, usage and hardware requirements can be found in the user guide. If you have questions that are not answered there, we will be happy to assist you.
Der Sourcecode (inkl. der Beispieldatensätze) steht auf den Seiten des MiModD Projekts bei sourceforge zum Herunterladen bereit.
